Система общественного транспорта Сан-Франциско — самая развитая система на западном побережье США. Около 35% населения города ежедневно пользуются общественным транспортом. Транспортная система города включает в себя автобусы, троллейбусы, наземные и подземные скоростные трамваи. Всё это — так называемая система MUNI, в состав которой также входят знаменитые исторические кабельные трамваи (см. Кабельный трамвай Сан-Франциско).

Помимо внутригородского транспорта в Сан-Франциско развита система пригородных сообщений. В городе функционирует своего рода метрополитен, работу которого обеспечивает агентство BART. BART – это региональная система быстрого перемещения, которая соединяет Сан-Франциско с восточным побережьем через туннель Трансбэй, под его юрисдикцию также попадают пути сообщения с Сан Матео, с национальным аэропортом Сан-Франциско и с Милбрэй. Железнодорожная система Кэлтрейн связывает Сан-Франциско с Сан-Хосе.

Транспортный комплекс Трансбэй Терминал обслуживает вокзалы большого ряда систем автобусных сообщений таких, как АС Транзит, СэмТранс и Голден Гейт Транзит. Маршрут автобусов Сан-Франциско – Эмирвиль обслуживает система Амтрэк.

В Сан-Франциско существует небольшой флот паромов, которые перевозит людей в Мэрин, Окланд или на север Вальехо, что в округе Солано